Сектор за контролу, истраге и обавјештајне послове обавља управне и друге стручне послове који се односе на утврђивање и креирање програма и планова инспекцијске контроле, вршење послова с циљем обезбјеђења јединствене примјене стандардних поступака контроле у оквиру ПУРС, прикупљање, испитивање и размјену обавјештајних података о свим питањима из надлежности ПУРС, достављање обавјештења и извјештаја надлежним тужилаштвима за кривична дјела из пореске области, координацију са другим организационим јединицама ПУРС у пословима планирања пореске контроле и друге послове у складу са прописима.

У Сектору за контролу, истраге и обавјештајне послове унутрашње организационе јединице су:

• Одјељење за контролу ВПО
• Одјељење за истраге и обавјештајне послове и
• Одсјек за контролу трансферних цијена