Odjeljenje za unutrašnju kontrolu obavlja upravne i druge stručne poslove koji se odnose na: neposrednu i posrednu kontrolu primjene zakona, pravilnika, procedura, uputstava, instrukcija i ostalih akata, kontrolu odgovornosti, blagovremenosti i efikasnosti u radu, kontrolu kršenja kodeksa ponašanja i narušavanja ugleda državnog službenika i namještenika, sastavljanje izvještaja i zapisnika, izradu planova rada i izvještaja o radu i druge poslove u skladu sa propisima.