Sektor za kontrolu, istrage i obavještajne poslove obavlja upravne i druge stručne poslove koji se odnose na utvrđivanje i kreiranje programa i planova inspekcijske kontrole, vršenje poslova s ciljem obezbjeđenja jedinstvene primjene standardnih postupaka kontrole u okviru PURS, prikupljanje, ispitivanje i razmjenu obavještajnih podataka o svim pitanjima iz nadležnosti PURS, dostavljanje obavještenja i izvještaja nadležnim tužilaštvima za krivična djela iz poreske oblasti, koordinaciju sa drugim organizacionim jedinicama PURS u poslovima planiranja poreske kontrole i druge poslove u skladu sa propisima.

U Sektoru za kontrolu, istrage i obavještajne poslove unutrašnje organizacione jedinice su:

• Odjeljenje za kontrolu VPO
• Odjeljenje za istrage i obavještajne poslove i
• Odsjek za kontrolu transfernih cijena